中國海關總署發布《關於加工貿易保稅貨物跨關區深加工結轉的管理辦法》，自2004年3月1日起實施（同關區參照此規定執行）。對轉廠作業有重大的變更，已成為台商關注的焦點。
加工貿易保稅貨物深加工結轉，是指加工貿易企業將保稅進口料件加工的產品，轉至另一海關關區內的加工貿易企業進一步加工後，復出口的經營活動（簡稱「結轉」；通稱「轉廠」）。
關於深加工結轉（轉廠手續）的原則和程序：
雙方先各自【備案】→【送貨】→【報關結轉】。
（一）向海關申報結轉計畫（關封或備案）：轉入、轉出企業向各自主管海關申報結轉計畫時，須先確定數量、重量等計量單位及商品編碼。
（二）實際收發貨（送貨）：經雙方主管海關備案後，方可進行實際收發貨，企業應按此內容進行收發貨。
（三）報關結轉（結轉）：每批收發貨後，應當在90日內辦理該批貨物的報關手續，取得間接進出口的合法憑證。
向海關提交申請表
有關加工貿易保稅貨物深加工結轉報關（轉廠手續）為：
（一）深加工結轉的計畫申報：加工貿易企業開展深加工結轉，轉入、轉出企業應當向各自主管海關提交「中華人民共和國海關加工貿易保稅貨物深加工結轉申請表」（以下簡稱申請表），申報結轉計畫：
1.轉出企業在「申請表」（一式四聯）中填寫本企業的轉出計畫並簽章，憑「申請表」向轉出地海關備案；
2.轉出地海關備案後，留存「申請表」第一聯，其餘三聯退轉出企業交轉入企業；
3.轉入企業自轉出地海關備案之日起20日內，持「申請表」其餘三聯，填寫本企業的相關內容後，向轉入地海關辦理報備手續。轉入企業在20日內
未遞交「申請表」；或者雖向海關遞交，但因「申請表」內容不符合海關規定而未獲准的，該份「申請表」作廢。轉出、轉入企業應當重新填報和辦理備案手續；
4.轉入地海關審核後，將「申請表」第二聯留存，第三、四聯交轉入、轉出企業憑以辦理結轉收發貨登記及報關手續。
（二）深加工結轉的收發貨登記：
1.轉出、轉入企業辦理結轉計畫申報手續後，應當按照經雙方海關核准後的「申請表」進行實際收發貨；
2.轉入、轉出企業的每批次收發貨記錄應當在「保稅貨物實際結轉情況登記表」（以下簡稱登記表）上進行如實登記，並加蓋企業結轉專用名章；
3.結轉貨物退貨的，轉入、轉出企業應當將實際退貨情況在「登記表」中進行登記，同時註明「退貨」字樣，並加蓋企業結轉專用名章。
辦理結轉報關手續
（三）深加工結轉的報關手續：轉出、轉入企業實際收發貨後，應當按照以下規定辦理結轉報關手續：
1.轉出、轉入企業應當分別在轉出地、轉入地海關辦理結轉報關手續。轉出、轉入企業可以憑一份「申請表」分批或集中辦理報關手續。轉出（入）企業每批實際發（收）貨後，應當在90日內辦結該批貨物的報關手續；
2.轉入企業憑「申請表」、「登記表」等單據向轉入地海關辦理結轉進口報關手續，並再結轉進口報關後的第二個工作日內將報關情況通知轉出企業；
3.轉出企業自接到轉入企業通知之日起10日內，憑「申請表」、「登記表」等單證向轉出地海關辦理結轉出口報關手續；
4.結轉進口、出口報關的申報價格為結轉貨物的實際成交價格；
5.一份結轉進口報關單對應一份結轉出口報關單，兩份報關單之間對應的申報序號、商品編號、數量、價格和手冊號應當一致；
6.結轉貨物分批報關的，企業應當同時提供「申請表」和「登記表」的原件及複印件。
深加工結轉的付匯和退稅規定如下：
（一）結轉企業以外匯結算的，海關按有關規定簽發報關單及外匯核銷證明聯，憑以辦理相關事宜。
（二）海關對加工貿易企業深加工結轉（轉廠）按出口處理為原則。但有例外，如廣東省稅務局對深加工結轉的貨物採「不徵稅，不退稅」；上海市則對深加工結轉貨物採「徵收增值稅」。因此，廣東省企業購買上海市企業轉廠的貨物時，應如何操作，須特別注意此問題。
至於轉出、轉入企業未依規定辦理深加工結轉（轉廠手續）者，海關按照《中華人民共和國海關法》及《中華人民共和國海關法行政處罰實施細則》的規定辦理，如構成犯罪者，依法追究其刑事責任。
台商企業應有的作法
綜上所述，台商企業對轉廠應有的態度及作法為：
（一）辦理深加工結轉應有概念。
1.原《辦法》實行「計畫審批、分批發貨、一次報關」的監管方式；新《辦法》採取「一次審批、分別報關、自動對碰」的監管方式。
2.一份「申請書」僅能辦理一個轉出企業和一個轉入企業。
3.結轉雙方之商品編號、數量、計量單位應一致。
4.一份「申請表」僅能對應轉出企業一本「加工貿易手冊」，但可對應轉入企業多本「手冊」。
5.填寫「申請表」前，結轉雙方企業應事先互相溝通，確保結轉雙方填寫的商品編號、數量、計量單位一致，如有不一致時應事先辦理「手冊」有關項目變更。
6.企業實際送貨後，應及時在「登記表」上如實登記收發貨的情況。
7.結轉雙方企業報關前也應互相告知，確認報關數量、實際收發貨數量、登記數量一致，注意兩份報關單之間對應的申報序號、商品編號、數量、價格和手冊是否一致。
8.企業還應按海關規定的時限及時辦理結轉報關手續。
客戶資料應建檔管制
（二）轉廠手續和轉廠客戶管理是企業的日常管理工作。
1.海關明確要求加工貿易企業須將深加工結轉客戶或供應商的資料清楚彙總，企業應自行建檔列表管制。
2.海關查廠時將要求企業提供客戶資料，以便雙向稽查。
3.「送貨單」為轉廠的一項重要證據，應善加保存歸檔。
4.一般企業僅辦理大客戶轉廠手續，而忽略小客戶不辦理轉廠手續，是危險錯誤行為，也是一顆不定時炸彈。
5.辦理「深結轉」和「送貨」手續應完備。
（三）海關查廠時「深加工結轉」是選案的重點對象。
1.企業雙方交易中，如一方有違法、違規情事者，海關將循線至上游供應商或下游客戶工廠，核對雙方往來資料是否確實，以釐清雙方的交易行為。
2.企業未辦理「深結轉申請表」，而有送、發貨的行為都是違規的。
3.企業已辦理「深結轉申請表」。可分下列情況：(1)已送貨，未結轉是合法的。(2)未送貨，已結轉是違規的。(3)已收貨，未結轉是合法的。(4)未收貨，已結轉是違規的。
4.違法的深加工結轉過程，海關視為「空轉」則有刑事責任。
5.合同手冊之餘額與庫存數有差異時，須有合理解釋。
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